労働時間の把握
使用者には、自己申告制・タイムカード等により労働時間を適正に把握する責務があります。
タイムカードで労働時間を把握する場合、打刻後は使用者の指揮命令下に入ったものと解釈されるので注意が必要です。
対象労働者
管理・監督者及びみなし労働時間制が適用される労働者（事業場外労働を行うものにあっては、みなし労働時間制が適用される時間に限る。）を除くすべての労働者。
つまり、みなし労働時間制を使えば労働時間の適正な把握をしなくて良いと読み取れます。
労働時間
休憩時間を除いて1日8時間、1週間に40時間を超えて労働させることはできません。
時間外または休日に労働させる場合には、労働者の過半数で組織する労働組合か労働者の過半数を代表する者と労使協定を締結し、事前に所轄の労働基準監督署長に届け出なければなりません。
また、時間外、深夜（原則として午後10時～午前5時）に労働させた場合には2割5分以上、法定休日に労働させた場合には3割5分以上の割増賃金を支払わなければなりません。
変形労働時間制を使えば、変形期間の労働時間を平均して1週間の労働時間が法定労働時間を超えなければ、1日の労働時間が8時間を超え1週間の労働時間が40時間を超えても割増賃金を支払わないことができます。
フレックスタイム制の場合には、1か月以内の清算期間の法定労働時間以内であれば時間外労働の問題は生じません。
この場合、時間外・休日労働が適用除外になる場合でも、深夜労働の割増賃金は支払わなければいけないので注意が必要です。
36協定
法定の労働時間を超えて労働（法定時間外労働）させる場合、または、法定の休日に労働（法定休日労働）させる場合には、あらかじめ労使で書面による協定を締結し、これを所轄労働基準監督署長に届け出ることが必要です。
延長時間の限度
| 一般労働者の場合 | 対象期間が3か月を超える1年対単位の 変形労働時間制の対象者の場合 |
||
| 期間 | 限度時間 | 期間 | 限度時間 |
| 1週間 | 15時間 | 1週間 | 14時間 |
| 2週間 | 27時間 | 2週間 | 25時間 |
| 4週間 | 43時間 | 4週間 | 40時間 |
| 1か月 | 45時間 | 1か月 | 42時間 |
| 2か月 | 81時間 | 2か月 | 75時間 |
| 3か月 | 120時間 | 3か月 | 110時間 |
| 1年間 | 360時間 | 1年間 | 320時間 |